中共中央保密委员会办公室与国家保密局是一个机构两块牌子。
1988年，全国人大通过《中华人民共和国保守国家秘密法》责成国家保密工作部门主管全国保守国家秘密的工作。
1997年中共中央政法委以政法〖1997〗12号文重申了国家保密工作部门对全国保密政策、制度的管理与指导职责。
1998年国家保密主管部门发布《计算机系统保密管理暂行规定》（国保发〖1998〗1号）。
国家保密局科技处是负责保密技术的主要部门；国家保密局下属的国家保密技术研究所为国家保密局制定全国保密技术政策、规划提供技术依据，为开展保密工作提供技术支撑与服务。
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